Dalam rangka melaksanakan tugas dan fungsi, BBPK Makassar mengacu pada Peraturan Menteri Kesehatan Nomor : 50 Tahun 2020 tentang Organisasi dan Tata Kerja Unit Pelaksana Teknis Bidang Pelatihan Kesehatan di Lingkungan Kementerian Kesehatan dengan struktur organisasi sebagai berikut: