Dalam melaksanakan tugas  , balai pelatihan kesehatan
menyelenggarakan fungsi sesuai Permenkes No 50 Tahun 2020 Tentang Organisasi dan Tata Kerja Unit Pelaksana Teknis Bidang Pelatihan Kesehatan di Lingkungan Kementerian Kesehatan :

a. penyusunan rencana, program, dan anggaran;

b. pelaksanaan pelatihan manajemen, teknis, teknis nonkesehatan, fungsional, dan pelatihan unggulan tertentu;

c. pelaksanaan pengembangan metode dan teknologi pelatihan manajemen, teknis, teknis nonkesehatan, fungsional, dan pelatihan unggulan tertentu;

d. pelaksanaan penjaminan mutu penyelenggaraan pelatihan manajemen, teknis, teknis nonkesehatan, fungsional, dan pelatihan unggulan tertentu;

e. pelaksanaan kerja sama di bidang pelatihan manajemen, teknis, teknis nonkesehatan, fungsional, dan pelatihan unggulan tertentu;

f. pengelolaan data dan sistem informasi pelatihan manajemen, teknis, teknis nonkesehatan, fungsional, dan pelatihan unggulan tertentu; 

g. pelaksanaan bimbingan teknis di bidang pelatihan manajemen, teknis, teknis nonkesehatan, fungsional, dan pelatihan unggulan tertentu;

h. pemantauan, evaluasi, dan pelaporan; dan

i. pelaksanaan urusan administrasi balai.